Macrogen Japan

マクロジェン・ジャパン　シーケンシングトラブルシューティングガイド

弊社では、初回のシーケンス解析で望ましい結果が得られなかったサンプルにつきまして、弊社の再反応基準の対象となる場合に限り、無料で再反応を承ります。シーケンシングの失敗は、サンプルの状態や特異的な配列により生じる場合が殆どでございます。このような場合、同一のシーケンシングプロセスにおいて、あらゆる操作を行いましても、改善の可能性がないため、再反応の対象から外れます。こちらに、頻繁に見られる特徴的な配列の例を掲載いたしましたので、ご参考にして頂けますと幸いです。

マクロジェン・ジャパンの再反応対応につきまして

弊社のシーケンシングサービスにおける再反応は、機械トラブルや研究スタッフのミスの可能性に対する確認作業の一環として行われるもののため、改善の可能性があると判断されるサンプルに限り実施いたします。そのため、同じ名前のサンプルでありましても、再度送っていただくサンプルは再反応の対象にはならず、解析料金が発生いたしますこと、ご了承ください。以下に記載の例につきましては、恐縮では御座いますが、ご請求をさせて頂くことを原則としております。

Plasmid DNAをご用意頂く際に、1つ以上のコロニーが同時にpickingされた場合や、1つのコロニーが2つ以上のplasmidを含む場合に、それぞれ異なるinsertが含まれるため、シーケンシングを行うと、ベクターの領域は綺麗なsingle peakを示しますが、insertの領域はmulti peakを示します。

Figure1. Mixed template-plasmid Insert contamination

特定の地点からmulti peakが現れる現象は、Mixed Template (insert contamination)と類似しておりますが、multi peakが現れる領域がinsert領域ではない点が異なります。主に二次構造により、同一electrophoretic mobilityからそれぞれ異なるサイズのfragmentを形成することになり、ある地点からことなったpeakが同時に検出される現象です。頻繁ではありませんが、high G/C content, high A/T contentの領域でこのような現象が起きることもあります。